Het feit dat in China geen anatomie bestaat zoals in het Westen, betekent niet dat het een onwetenschappelijk systeem is; het enige dat aangetoond wordt is dat er in het Westen en in het Oosten verschillende denksystemen bestaan. In het Westen hadden zelfs de oude Grieken al een verfijnde anatomie ontwikkeld, die gebaseerd was op het ontleden van mensen en apen. Deze theorieën waren vaak onjuist, maar ontstonden ten gevolge van dezelfde nadruk op het leggen van causale verbanden bij ziekten als bij de moderne geneeskunde gebruikelijk is. De beschrijving van de Organen die nu volgt, is dus geen 'Chinese versie van de anatomie, maar juist het tegenovergestelde'.

In het Chinese systeem worden de Organen altijd besproken met betrekking tot hun functies en hun relaties met de Fundamentele Substanties, de andere Organen en andere lichaamsdelen. Slechts door steeds deze relaties voor ogen te houden kan een Orgaan op juiste wijze gedefinieerd worden. (Dit idee is afkomstig van de Nei Jing, waaruit de meeste citaten afkomstig zijn.) De relaties die nu besproken worden zijn die welke de Chinese medische traditie als de belangrijkste beschouwt bij het klinisch waarnemen van patronen.

In de Chinese geneeskunde wordt uitgegaan van vijf Yin Organen en zes Yang Organen. De Yin Organen zijn Hart, Longen, Milt, Lever en Nieren. Het Pericardium wordt soms als zesde Yin Orgaan daaraan toegevoegd. De functie van de Yin Organen bestaat uit het produceren, transformeren, reguleren en bewaren van de Fundamentele Substanties (Chi, Bloed, Jing, Shen (ziel), en Lichaamsvocht.).

De zes Yang Organen zijn: Galblaas, Maag, Dunne Darm, Dikke Darm, Blaas en Drievoudige Verwarmer. De Yang Organen hebben als taak het gedeelte van het voedsel dat getransformeerd zal worden tot Fundamentele Substanties, in zich op te nemen, af te breken, te absorberen en het onverteerbare gedeelte uit te scheiden.

Omdat de Yin Organen diep in het lichaam liggen, zijn ze Yin in verhouding tot de Yang Organen, die meer aan de oppervlakte liggen. De Yin Organen zijn doorgaans van meer belang in de medische theorie en praktijk.

.

.